Après la conquête, les conquistadors devaient construire une nouvelle société, suivant leurs valeurs et leurs bases économiques. Ils appartenaient, en général, à la couche sociale des hidalgos, nobles, mais aux ressources limitées. Ils s'installaient dans l'archipel pour faire fortune, et obtenir le prestige qui leur manquait, de là d'où ils venaient. Ce processus seigneurial de colonisation, violent, n'a eu aucun respect pour les peuples païens et a contribué à anéantir le mode de vie et la culture de la société aborigène. Baptisés, les Guanches qui restèrent se mêlèrent à la population espagnole et perdirent leur langue et leurs moeurs. De fait, les conquistadores, les colons, et les Guanches ont formé la base de cette nouvelle société insulaire, exactement comme dans la Caraïbe. Les Guanches survivants des guerres de conquête eurent à subir la déportation vers l'esclavage et d'autres moururent à causes des maladies apportées par les espagnoles et pour lesquelles ils n'étaient pas immunisés.Ainsi, la terrible maladie, dite modorra, «-maladie du sommeil-», que l'on attribuait à la quantité de cadavres que les Espagnols avaient laissés exposés à l'air après la bataille de La Laguna de 1494, fit disparaître un grand nombre des Guanches restants : ce fut une de ces «-pestes noires-», semblables à celles qui ont fauché tant de peuples de l'Amérique et de l'Océanie après l'arrivée des Européens. 

 

Les Castillans imposent un nouveau modèle économique basé sur l’agriculture dont la production était destinée aux marchés européens : le sucre au XIV ème siècle, les vins aux XVII et XVIII èmes siècles, la cochenille au XIX ème siècle et enfin les bananes, les tomates et les pommes de terre jusqu'au milieu du XXème siècle.  C'est également la fin du moyen Age et l'âge d'Or des conquistadors qui prennent l'habitude de faire escale à Tenerife et à Gran Canaria sur leur route vers le Nouveau Monde tout juste découvert. Marchands et missionnaires sont également du voyage et les îles commencent à prospérer.

Dès lors, les conflits se succéderont avec les ennemis de toujours : français, anglais, hollandais et autres barbares. Mais les Canaries resteront sous la souveraineté de l'Espagne. Alors que l'Espagne se concentre sur ses conquêtes sud-américaines, l'économie canarienne est en difficulté. Au milieu du XIX ème siècle, l'archipel devient une communauté autonome d'Espagne et Santa Cruz en devient la capitale.

Alors que l'économie toujours fébrile est notamment durement impactée par le blocus britannique sur le commerce de la banane, une importante vague d'exode frappe l'archipel, ses habitants préfèrent aller tenter l'aventure en Amérique centrale et latine...

 

Les derniers descendants du dernier Mencey de Tenerife, Bencomo, entrèrent dans les ordres et moururent en 1828 à la cour d'Espagne. Mais si la nation des Guanches n'a plus d'existence indépendante, aussi bien leurs descendants métissés et certains éléments de leur ancienne culture existent toujours. De l'union des premiers colons espagnols avec les femmes canariennes naquit une population croisée, que l'on retrouve avec ses traits distinctifs en mainte partie des îles.